Kościół św. Katarzyny przed zniszczeniem w 1945 roku był niezwykle bogaty jeżeli chodzi o organy, ponieważ znajdowały się w nim aż trzy(!) instrumenty, co było ewenementem na Warmii.

Najcenniejszym z nich były organy główne z barokowym, przepięknie zdobionym prospektem organmistrza Mosengela. Szafa organowa tego samego autorstwa zachowała się w Świętej Lipce, która jest podobna do tej, która została zniszczona w 1945 r. w Braniewie. W XIX wieku organy gruntownie przebudował August Terletzki. Z kolei w 1904 roku Bruno Goebel z Królewca we wnętrzu tej barokowej szafy wybudował nowe romantyczne 42-głosowe organy oparte o trakturę pneumatyczną. 

Drugie organy znajdowały się na chórze obok prezbiterium – te zniszczone w 1945 zostały wybudowane pod koniec XIX wieku. Służyły one do gry w trakcie liturgii dni powszednich.

Trzecie organy znajdowały się w Kaplicy Mariackiej, czyli obecnej kaplicy św. Anny. Ciekawą pamiątką po tym instrumencie jest rysunek wykonany w latach 30. pokazany powyżej.

Oprócz bogactwa instrumentarium organowego w kościele św. Katarzyny, równie ważnym dziedzictwem kulturowym było kwitnące życie muzyczne związane z tymi instrumentami – pracujący przy nich organiści byli osobami mającymi ogromny wpływ na budownictwo organowe oraz muzykę liturgiczną na całej Warmii. Zaliczali się do nich m. in. P. Buhl i P. Sommer.